Professor auxiliar da Faculdade de Teologia da UCP. Doutor em Ciências Históricas pela UCP. Tem lecionado diversas unidades curriculares na área da História Moderna e Contemporânea, Teorias da História, Cristianismo e Cultura e Doutrina Social da Igreja em várias Faculdades da UCP (desde 1987/1988). É professor e membro da Comissão Diretiva do PIUDHist - Programa Interuniversitário de Doutoramento em História (desde 2008/2009). É docente convidado nos 2.º e 3.º ciclos de estudos em "História e Cultura das Religiões" na Faculdade de Letras da UL (desde 2010/2011). É diretor (2014-) e investigador integrado do Centro de Estudos de História Religiosa (CEHR-UCP). É diretor da revista Lusitania Sacra (2014-). É membro de diversas instituições sociais e eclesiais, tendo integrado a Comissão Nacional Justiça e Paz (1998-98, 2006-2008). Tem publicado sobre temas de história social e religiosa de Portugal, com destaque para a colaboração no "Dicionário e na História Religiosa de Portugal" (Círculo de Leitores; 2000-2002), "Dicionário de História de Portugal: Suplemento (Figueirinhas (2006),  Elites católicas em Portugal: o papel da Acção Católica Portuguesa (1940-1961)" (FCT, FCG,2011) e "Apostolado de Adolescentes e Crianças em Portugal: História de um Movimento" (CEHR-UCP, 2017).
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Igreja Católica, sociedade e Estado em Portugal no Século XX

FONTES, Paulo. - Igreja Católica, sociedade e Estado em Portugal no Século XX. Igrejas e ditaduras no mundo lusófono, 2019.
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Apresentação

FONTES, Paulo. - Apresentação. Bispos e arcebispos de Lisboa, 2018.
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Apresentação de um projeto

FONTES, Paulo. - Apresentação de um projeto. Sob o manto da Misericórdia: contributos para a história da Santa Casa da Misericórdia do Porto, 2018.
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Os Dominicanos em Portugal (1216-2016)

FONTES, Paulo. - Os Dominicanos em Portugal (1216-2016). CEHR-UCP, 2018.
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Apostolado de Crianças e Adolescentes em Portugal: história de um movimento

FONTES, Paulo. - Apostolado de Crianças e Adolescentes em Portugal: história de um movimento. CEHR-UCP, 2017.
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O Movimento de Apostolado de Adolescentes e Crianças (MAAC), a Igreja católica e a sociedade portuguesa contemporânea

FONTES, Paulo. - O Movimento de Apostolado de Adolescentes e Crianças (MAAC), a Igreja católica e a sociedade portuguesa contemporânea. Apostolado de Crianças e Adolescentes em Portugal: História de um Movimento, 2017.
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Imprensa católica

FONTES, Paulo. - Imprensa católica. Figueirinhas, 2016.
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Memória e História: as Crónicas de Susan Lowndes

FONTES, Paulo. - Memória e História: as Crónicas de Susan Lowndes. Catolicismo em Portugal: Crónicas de Susan Lowndes, correspondente britânica (1948-1992), 2016.
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Apresentação

FONTES, Paulo. [et al.] - Apresentação. Lusitania Sacra, 2015.
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Apresentação

FONTES, Paulo. - Apresentação. Corrupção e incúria no Santo Ofício, 2015.
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Base de Dados de Organizações Católicas em Portugal no Século XX

FONTES, Paulo. - Base de Dados de Organizações Católicas em Portugal no Século XX. , 2014.
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Presentation | Apresentação

FONTES, Paulo. [et al.] - Presentation | Apresentação. Lusitania Sacra, 2014.
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D. António Ribeiro e o seu tempo (1928-1998)

FONTES, Paulo. - D. António Ribeiro e o seu tempo (1928-1998). Interações do Estado e das Igrejas: homens e instituições, 2013.
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Educação, religião e laicidade em Portugal na época contemporânea

FONTES, Paulo. - Educação, religião e laicidade em Portugal na época contemporânea. Laicidade, religiões e educação na Europa do Sul no século XX, 2013.
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Cadernos de História e Memória Local

FONTES, Paulo. - Cadernos de História e Memória Local. Câmara Municipal de Santo Tirso; Departamento de História da Universidade do Minho; Centro de Estudos de História Religiosa, 2012.
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Da extinção à restauração das ordens e congregações religiosas em Portugal

FONTES, Paulo. - Da extinção à restauração das ordens e congregações religiosas em Portugal. Colóquio "A Restauração da Provìncia Dominicana em Portugal: memória e desafios", 2012.
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Elites católicas em Portugal: o papel da Acção Católica Portuguesa (1940-1961)

FONTES, Paulo. - Elites católicas em Portugal: o papel da Acção Católica Portuguesa (1940-1961). Fundação Calouste Gulbenkian; Fundação para a Ciência e a Tecnologia (Ministério do Ensino Superior), 2011.
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Portugaliae Monumenta Misericordiarum, vol. 9, 2 tomos

FONTES, Paulo. - Portugaliae Monumenta Misericordiarum, vol. 9, 2 tomos. União das Misericórdias Portuguesas; CEHR-UCP, 2011.
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Porugaliae Monumenta Misericordiarum, vol. 9, tomos 1 e 2

FONTES, Paulo. - Porugaliae Monumenta Misericordiarum, vol. 9, tomos 1 e 2. União das Misericórdias Portuguesas; CEHR-UCP, 2010.
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A União Noelista Portuguesa, um movimento católico de mulheres

FONTES, Paulo. - A União Noelista Portuguesa, um movimento católico de mulheres. As Faces de Eva, 2009.
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Apresentação

FONTES, Paulo. - Apresentação. Os vencidos do catolicismo: militância e atitudes críticas, 2009.
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D. Manuel Bento Rodrigues da Silva, C.R.S.J.E. (1858-1969)

FONTES, Paulo. - D. Manuel Bento Rodrigues da Silva, C.R.S.J.E. (1858-1969). Os Patriarcas de Lisboa, 2009.
Paper

A institucionalização da Acção Católica Portuguesa e a festa de Cristo-Rei

FONTES, Paulo. - A institucionalização da Acção Católica Portuguesa e a festa de Cristo-Rei. Lusitania Sacra, 2008.
Paper

A Revista "Lusitania Sacra" (1956-2006): um projecto e um percurso historiográfico

FONTES, Paulo. - A Revista "Lusitania Sacra" (1956-2006): um projecto e um percurso historiográfico. Revista Lusófona de Ciências das Religiões, 2007.
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A teologia de Cristo-Rei e a institucionalização da Acção Católica Portuguesa

FONTES, Paulo. - A teologia de Cristo-Rei e a institucionalização da Acção Católica Portuguesa. Communio. Revista Internacional Católica, 2007.
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Acção Católica e Fátima

FONTES, Paulo. - Acção Católica e Fátima. Principia, 2007.
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Religiões em Portugal

FONTES, Paulo. - Religiões em Portugal. ACLUS, 2005.
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Apresentação

FONTES, Paulo. - Apresentação. Abel Varzim - A procissão dos passos: uma vivência no Baiiro Alto, 2002.
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O catolicismo português no século XX: da separação à democracia

FONTES, Paulo. - O catolicismo português no século XX: da separação à democracia. Religião e secularização, 2002.
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Ordens Religiosas

FONTES, Paulo. - Ordens Religiosas. Figueirinhas, 2002.
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Religião

FONTES, Paulo. - Religião. Figueirinhas, 2002.
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Arquivística e arquivos religiosos: contributos para uma reflexão

FONTES, Paulo. - Arquivística e arquivos religiosos: contributos para uma reflexão. CEHR-UCP, 2000.
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Arquivística religiosa e património documental da Igreja católica: o caso português

FONTES, Paulo. - Arquivística religiosa e património documental da Igreja católica: o caso português. Memoria Ecclesiae, 2000.
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Dicionário de História Religiosa de Portugal

FONTES, Paulo. - Dicionário de História Religiosa de Portugal. Círculo de Leitores, 2000.
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Imprensa Católica

FONTES, Paulo. - Imprensa Católica. Figueirinhas, 2000.
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Juventude Escolar Católica / Feminina

FONTES, Paulo. - Juventude Escolar Católica / Feminina. Figueirinhas, 2000.
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Juventude Universitária Católica / Feminina

FONTES, Paulo. - Juventude Universitária Católica / Feminina. Figueirinhas, 2000.
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Universidade e Estado Novo nos anos 50: a crise académica de 1956-1957 e o movimento estudantil

FONTES, Paulo. - Universidade e Estado Novo nos anos 50: a crise académica de 1956-1957 e o movimento estudantil. Maio de 1968: trinta anos depois. Os movimentos estudantis em Portugal, 1999.
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As organizações de juventude e o movimento católico no século XX em Portugal

FONTES, Paulo. - As organizações de juventude e o movimento católico no século XX em Portugal. História, 1997.
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Jovens, menos jovens e a educação das novas gerações: algumas notas sobre a condição juvenil

FONTES, Paulo. - Jovens, menos jovens e a educação das novas gerações: algumas notas sobre a condição juvenil. Commnunio: Revista Internacional Católica, 1995.
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Património cultural da Igreja e evangelização

FONTES, Paulo. - Património cultural da Igreja e evangelização. Lusitania Sacra, 1995.
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A Acção Católica Portuguesa (1933-1974) e a presença da Igreja na sociedade

FONTES, Paulo. - A Acção Católica Portuguesa (1933-1974) e a presença da Igreja na sociedade. Lusitania Sacra., 1994.
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A doutrina social da Igreja numa perspectiva histórica

FONTES, Paulo. - A doutrina social da Igreja numa perspectiva histórica. Questões sociais, desenvolvimento e política: curso de doutrina social da Igreja, 1994.