Professor auxiliar da Faculdade de Teologia da UCP. Doutor em Ciências Históricas pela UCP. Tem lecionado diversas unidades curriculares na área da História Moderna e Contemporânea, Teorias da História, Cristianismo e Cultura e Doutrina Social da Igreja em várias Faculdades da UCP (desde 1987/1988). É professor e membro da Comissão Diretiva do PIUDHist - Programa Interuniversitário de Doutoramento em História (desde 2008/2009). É docente convidado nos 2.º e 3.º ciclos de estudos em "História e Cultura das Religiões" na Faculdade de Letras da UL (desde 2010/2011). É diretor (2014-) e investigador integrado do Centro de Estudos de História Religiosa (CEHR-UCP). É diretor da revista Lusitania Sacra (2014-). É membro de diversas instituições sociais e eclesiais, tendo integrado a Comissão Nacional Justiça e Paz (1998-98, 2006-2008). Tem publicado sobre temas de história social e religiosa de Portugal, com destaque para a colaboração no "Dicionário e na História Religiosa de Portugal" (Círculo de Leitores; 2000-2002), "Dicionário de História de Portugal: Suplemento (Figueirinhas (2006),  Elites católicas em Portugal: o papel da Acção Católica Portuguesa (1940-1961)" (FCT, FCG,2011) e "Apostolado de Adolescentes e Crianças em Portugal: História de um Movimento" (CEHR-UCP, 2017).
Outras

Apostolado de Crianças e Adolescentes em Portugal: história de um movimento

FONTES, Paulo. - Apostolado de Crianças e Adolescentes em Portugal: história de um movimento. CEHR-UCP, 2017.
Capítulo de Livro

O Movimento de Apostolado de Adolescentes e Crianças (MAAC), a Igreja católica e a sociedade portuguesa contemporânea

FONTES, Paulo. - O Movimento de Apostolado de Adolescentes e Crianças (MAAC), a Igreja católica e a sociedade portuguesa contemporânea. Apostolado de Crianças e Adolescentes em Portugal: História de um Movimento, 2017.
Capítulo de Livro

Memória e História: as Crónicas de Susan Lowndes

FONTES, Paulo. - Memória e História: as Crónicas de Susan Lowndes. Catolicismo em Portugal: Crónicas de Susan Lowndes, correspondente britânica (1948-1992), 2016.
Livro

Apresentação

FONTES, Paulo. [et al.] - Apresentação. Lusitania Sacra, 2015.
Outras

Base de Dados de Organizações Católicas em Portugal no Século XX

FONTES, Paulo. - Base de Dados de Organizações Católicas em Portugal no Século XX. , 2014.
Livro

Presentation | Apresentação

FONTES, Paulo. [et al.] - Presentation | Apresentação. Lusitania Sacra, 2014.
Livro

Elites católicas em Portugal: o papel da Acção Católica Portuguesa (1940-1961)

FONTES, Paulo. - Elites católicas em Portugal: o papel da Acção Católica Portuguesa (1940-1961). Fundação Calouste Gulbenkian; Fundação para a Ciência e a Tecnologia (Ministério do Ensino Superior), 2011.
Outras

Misericórdias e secularização num século turbulento (1910-2000), vol. 9, tomo 2

FONTES, Paulo. - Misericórdias e secularização num século turbulento (1910-2000), vol. 9, tomo 2. União das Misericórdias Portuguesas; CEHR-UCP, 2011.
Outras

Misericórdias e secularização num século turbulento (1910-2000), vol. 9, tomo 1

FONTES, Paulo. - Misericórdias e secularização num século turbulento (1910-2000), vol. 9, tomo 1. União das Misericórdias Portuguesas; CEHR-UCP, 2010.
Outras

Arquivística e arquivos religiosos: contributos para uma reflexão

FONTES, Paulo. - Arquivística e arquivos religiosos: contributos para uma reflexão. CEHR-UCP, 2000.